Berdasarkan visi dan misi PBHI Jakarta, maka Muswil III telah memandatkan program kerja yang harus dijalankan untuk periode 2008-2011. Dasar-dasar program yang dirumuskan sebagai cerminan posisi dan peran PBHI Jakarta sebagai perhinpunan pembela hak asasi manusia dapat dirumuskan sebagai berikut:

1. Program Hak Sipil – Politik
   
   1. Penyiksaan
   2. Pluralisme
   3. Perempuan dan Anak
2. Program Hak Ekonomi Sosial dan Budaya (Ecosob)
   
   1. Hak Atas Perumahan
   2. Perburuhan

Program-program yang telah dimandatkan tersebut, akan dijalankan dengan aktifitas kerja sebagai berikut:

1. Advokasi /bantuan hukum
2. Pemantauan/Monitoring
3. Jaringan
4. Kampanye
5. Pendidikan
6. Pemberdayaan Anggota