PBHI Jakarta merupakan organisasi yang berbentuk perhimpunan dengan keanggotaan yang bersifat perorangan dan sukarela serta berasaskan pada nilai-nilai universal hak asasi manusia (human rights). Kedudukannya otonom dikaitkan dengan keberadaan PBHI Nasional.

Sebagai sebuah institusi perhimpunan, PBHI Jakarta mengkaitkan diri dengan promosi dan pembelaan hak asasi manusia (promoting and defending human rights) dan didasarkan atas suatu visi, misi dan prinsip yang khusus.

Berpegang pada asas universal hak asasi manusia (HAM), maka PBHI Jakarta menempatkan visi yang didasarkan atas hubungan antara individu/kelompok orang dengan Negara (state). Hubungan khusus ini menegaskan bahwa hak-hak hanya dipegang oleh individu/kelompok orang, sedangkan kewajiban dipegang oleh negara. Hak-hak manusia didasarkan atas prinsip kewajiban negara (obligation of the state). Visi yang dibayangkan bahwa negara yang menjalankan kewajibannya untuk menghormati (to respect), melindungi (to protect), dan memenuhi (to fulfil) hak-hak manusia.

Untuk misinya, PBHI Jakarta mencanangkan: {1} mempromosikan nilai-nilai hak asasi manusia; {2} membela korban pelanggaran hak asasi manusia; dan {3} mendidik calon anggota dan anggota sebagai sebagai pembela hak asasi manusia (human rights defender).

Dilatari itu maka PBHI Jakarta menganut prinsip kerja yang bersifat imparsial, non-diskriminasi, independent dan pluralis. PBHI Jakarta tidak boleh menjadi bagian dari suatu kepentingan kelompok tertentu. Semboyan yang dicanangkan adalah “hak-hak manusia dan demokrasi untuk semua”. Artinya secara politik, PBHI wajib mengambil kedudukan non-partisan.